Zależność między przewidywaniami opartymi na ekspresji genów w przypadku raka piersi

Badania profilowania ekspresji genów pierwotnych piersi prowadzone przez różne laboratoria prowadziły do identyfikacji wielu różnych profili prognostycznych lub zestawów genów z niewielkim zachodzeniem na siebie w kategoriach tożsamości genów. Metody
Aby porównać przewidywania wyprowadzone z tych zestawów genów dla poszczególnych próbek, uzyskaliśmy pojedynczy zestaw danych 295 próbek i zastosowaliśmy pięć modeli opartych na ekspresji genu: swoiste podtypy, profil 70-genu, odpowiedź na ranę, wynik nawrotu i dwójnasób. stosunek genów (dla pacjentów, którzy byli leczeni tamoksyfenem).
Wyniki
Stwierdziliśmy, że większość modeli ma wysokie wskaźniki zgodności w przewidywaniach wyników dla poszczególnych próbek. W szczególności, prawie wszystkie nowotwory zidentyfikowane jako posiadające swoisty podtyp podstawowego, HER2-dodatniego i negatywnego receptora estrogenu lub Luminal B (związane ze złym rokowaniem) zostały również sklasyfikowane jako mające słabe profile 70-genowe, aktywowane odpowiedź na ranę i wysoki odsetek nawrotów. Modele z 70 genami i powtarzającymi się wynikami, które zaczynają być stosowane w warunkach klinicznych, wykazały 77 do 81 procent zgodności w klasyfikacji wyników.
Wnioski
Chociaż różne zestawy genów zostały użyte do prognozowania u pacjentów z rakiem piersi, cztery z pięciu badanych wykazały istotną zgodność w prognozach wyników dla poszczególnych pacjentów i prawdopodobnie śledzą wspólny zestaw fenotypów biologicznych.
Wprowadzenie
Wiele badań dotyczących ekspresji genów zidentyfikowało profile ekspresji i zestawy genów, które są prognostyczne, predykcyjne lub oba dla pacjentów z rakiem sutka.1-12 Porównanie wykazów genów pochodzących z niektórych z tych najwyraźniej podobnych badań pokazuje, że nakładają się one tylko nieznacznie, Jeśli w ogóle. Przyczyny tego niższego niż oczekiwano zachodzenia na siebie nie są całkowicie znane, ale prawdopodobnie obejmują różnice w kohortach pacjentów, platformach mikromacierzy i matematycznych metodach analizy. Ważnym i bez odpowiedzi pozostaje pytanie, czy te czynniki prognostyczne są zgodne z przewidywaniami dla poszczególnych pacjentów. Poniżej przedstawiamy naszą analizę pojedynczego zestawu danych, na którym porównywano jednocześnie pięć prognostycznych lub predykcyjnych modeli opartych na ekspresji genu.
Metody
Pacjenci
Użyliśmy jednego zestawu danych próbek raka piersi od 295 kobiet. Zestaw danych dotyczących ekspresji genów został opracowany przez naukowców z holenderskiego Cancer Institute i Rosetta Inpharmatics-Merck przy użyciu mikromacierzy oligonukleotydowych (Agilent). Dane dotyczące przeżycia wolnego od nawrotów (zdefiniowanego jako czas do pierwszego zdarzenia) i całkowitego przeżycia były dostępne dla wszystkich pacjentów.2-4 Informacje kliniczne uzyskano od Changa i wsp. [5] Większość pacjentów miała raka piersi stopnia I lub II ; 165 otrzymywało jedynie miejscową terapię, 20 otrzymywało tylko tamoksyfen, 20 otrzymywało tamoksyfen i chemioterapię, a 90 otrzymywało tylko chemioterapię.
Analiza statystyczna
Zestawy genów
Zastosowaliśmy pięć prognostycznych lub predykcyjnych zestawów genów (i metod) do oceny zestawu danych. Otrzymane klasyfikacje dla każdego pacjenta zostały zapisane dla każdego modelu (Tabela w Dodatkowym dodatku, dostępna wraz z pełnym tekstem tego artykułu na stronie www.nejm.org)
[przypisy: badania przed zajściem w ciążę, laserowe zamykanie naczynek poznań, vitadent ]
[podobne: szagru, szkarlatyna wikipedia, tabletki antykoncepcyjne daylette ]